財政部中區國稅局員林稽徵所表示，自105年1月1日起實施房地合一課徵所得稅制度（以下簡稱新制），土地交易所得應計入營利事業所得額課稅，不適用所得稅法第4條第1項第16款免納所得稅規定。房屋、土地均應核實計算「交易所得額」後，減除「得減除之土地漲價總數額」，以其餘額併入營利事業所得額課徵所得稅。
員林稽徵所進一步說明，營利事業之房地交易適用新制者，於辦理結算申報時應填報其他申報書表第C1頁「交易符合所得稅法第4條之4第1項規定之房屋、土地、第24條之5第4項規定股權之收入、成本、費用、損失明細表」，其中「交易所得額」應填入損益及稅額計算表第40欄或第48欄，而「得減除之土地漲價總數額」應填入損益及稅額計算表第58欄。而適用產業創新條例第23條之1規定之營利事業，應以該「交易所得額」減除「得減除之土地漲價總數額」後之餘額填入損益及稅額計算表第40欄或第48欄。
員林稽徵所提醒，除適用產業創新條例第23條之1規定之營利事業外，一般營利事業適用新制之土地交易不得將「得減除之土地漲價總數額」自「交易所得額」中減除後，再將餘額填入損益及稅額計算表第40欄或第48欄，而應將「得減除之土地漲價總數額」另行填入損益及稅額計算表第58欄，以免短報全年所得額，致影響當年度稅後盈餘。營利事業如經自行檢視發現申報錯誤者，請儘速檢附相關資料申請更正。
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